МФК ЛКС является примером государственно-частного партнёрства. Функционирование команды осуществляется за счёт ежегодных субсидий из бюджета Липецкой области и частных инвестиций ООО «ЛипецкКомплексСтрой», а также пожертвований и спонсорских поступлений от других организаций.

Мини-футбольный клуб ЛКС был основан в 2017 году. Команда объединила лучших игроков Липецкой области и в первый же сезон выиграла большинство региональных соревнований. После успехов в соревнованиях регионального уровня было принято решение заявить команду в конференцию «Запад» Высшей лиги Первенства России. В сезоне 2020/21 МФК ЛКС стал победителем регулярного Первенства Высшей лиги в конференции «Запад». В сезонах 2021/22 и 2022/23 МФК ЛКС завоевал серебряные медали Высшей лиги Первенства России, Кубок конференции "Запад". 

Спортивные успехи и поддержка правительства Липецкой области позволили МФК ЛКС заявиться с сезона 2023/24 в Суперлигу. В дебютном сезоне клуб до последних туров претендовал на попадание в плей-офф, в итоге заняв 9-е место в Чемпионате России.

На базе ЛКС создан дубль команды, который в сезоне 2024/25 заявлен для выступления в Высшую лигу Первенства России, детско-юношеский клуб и футбольная Академия, где занимаются дети от 4 лет.